Vet inte om det finns för något svenskt bokföringsprogram, men i det jag använder (har firma i Gibraltar då det är där jag är boende) så finns det inbyggt stöd för att sätta upp betalningslösning med Worldpay, Paypal eller Sagepay.
Skickar jag en faktura så får mina kunder möjlighet att via en länk både se fakturan och granska den, och då med en koppling till ovan nämnda betalningslösningar direkt möjlighet att betala fakturan online. Jag har inte utnyttjat denna funktion själv då jag inte har velat ge upp den extra marginalen (då mina kunder annars betalar överföringskostnaden till bank) men kanske vore intressant i detta fall om liknande lösningar finns i svenska system.