Båda är ju riktigt bra plattformar och det hänger mest på implementationen. Det gäller att få ordning på alla kopplingar och en bra användarupplevelse, här är de väldigt generella och man kan få lägga riktigt mycket tid för t.ex. att få till kassan. Kolla exempel på bra kassor till Prestashop i annan aktuell tråd.
Magento kräver mer men ger också större möjligheter. Du har ju redan koll på allt det här med vad som finns runtomkring näthandeln och då tror jag Magento skulle kunna vara det som ger dig störst möjligheter att ta det du redan har vidare.