I första hand tror jag lite att det handlar om beloppet. Handlar det om några hundra kronor, så kan man nog hantera det på olika sätt, handlar det om tusentals kronor så skulle jag nog hantera det på ett annat sätt igen.
Är det en stor beställning skulle jag nog rekommendera att in första hand kontakta kunden via telefon och där förklara att jag kommer att skicka fakturan för varorna och då även skicka ett mail till kund med kopia på beställning. Eventuellt krypa lite till korset och säga att man ger lite rabatt pga att man själv gjort ett fel (kanske till och med gå ner till inköpspris för att visa god vilja).
Handlar det om någon/några hundralappar så skulle jag nog kontakta kunden via mail med själva kopian på beställningen och skriva att man gjort fel samt att man bjuder på denna omgång då det känns fel att kräva betalningen så långt senare. I samband med detta skulle jag nog ha skickat med en rabattkod eller så för att få dem att handla igen (beroende på vad det är du säljer naturligtvis).
Oberoende av vad du väljer att göra, så skulle jag ha kontaktat kunden och sagt som det är. Tror du kan vinna tillbaks kunden på olika sätt. Det viktiga är nog att inte på något sätt anklaga kunden för något.